Действие разворачивается в 1565 году, где игрок управляет войсками Моргана Блэка, членом Мальтийского ордена, который защищает цитадель ордена на Мальте от «Ястреба» Сахина («сахин» в переводе с турецкого — «ястреб»), полководца Османской империи. Зажигая сигнальный огонь, Морган вызывает подмогу в лице его военачальника Алена Маньяна, войско которого отражает атаку турков. Взорвав склады боеприпасов турков в пещерах неподалёку, они обнаруживают тайную каменную библиотеку, где описана история «Лунного озера» и тайного общества под названием «Круг Оссуса», которые ищут то озеро. Ален посылает Моргана в Новый Свет на поиски озера, но корабль Моргана перехватывает королева пиратов Лиззи.

Попав на Юкатан, Морган опять встречает Сахина и уничтожает османский форт, хотя Сахин утверждает, что лишь пытается не дать Кругу Оссуса достичь озера. Ночью, одного из разведчиков убивает белый ягуар, прежде чем животное падает от пули одного из горцев Моргана. Морган узнаёт животное по рисункам в бибилиотеке, понимая, что Круг уже в Америке. Блэк и его люди продолжают двигаться через джунгли, защищая храмы ацтеков от испанских конкистадоров. Там, Морган обнаруживает большую каменную карту, направляющую его во Флориду, где находится Lago de la Luna (русск. Лунное озеро). Но по пути к Флориде, флот Моргана топит ураган, и остатки его армии находят убежище на Кубе. Там, Морган опять встречается с Лиззи, и после его помощи карибам против испанцев, Лиззи соглашается перевезти его рыцарей к Флориде.

Во Флориде, Морган опять встречает Алена Магнана, и тот даёт Блэку задание захватить испанские галлеоны с сокровищами. В битве против военачальника Дельгадо, большинство испанцев погибают, включая самого Дельгадо. Морган опять обнаруживает Сахина и освобождает инков, пойманных испанцами. Ален приказывает Моргану не церемониться и попросту казнить всех турков и инков. Но благородному Моргану эта идея не по душе. Сахин рассказывает Моргану о том, что Круг Оссуса считает, что Фонтан вечной жизни сделает их бессмертными, и что Ален, который оказывает лидером Круга, его обманул. Видя Алена в окружении элитных солдат Круга, Морган понимает, что Ален предал их рыцарский орден. Используя флот Лиззи и огромную пушку, построенную Кругом, игрок разрушает Фонтан. В конце истории, Сахин, знающий, что Османской империи настало время уйти в книги истории, возвращается домой в Турцию. Лиззи потеряла всё испанское золото, и была разгневана на Моргана в последующие несколько лет. Рассказчица (Амилия Блэк) является потомком Моргана и считает, что Лиззи могла быть и её предком, так как она сама имеет темперамент пирата. Оставшись один, Морган желает выпить из фляги, но она оказывается пустой. Он смотрит на уничтоженный Фонтан и подходит к воде. Он понимает, что Круг однажды вернётся, чтобы узнать правду о Фонтане.

Около 1757, внук Моргана, Джон Блэк, и его друг-индеец Каньенке направляются к городку дяди Джона. Спасая городок от нападения чероки, они нападают на лагерь чероки, чтобы договориться о перемирии. Но на городок затем нападает отряд британцев. Отбив город, Джон узнаёт, что его дядю Стюарта похитили. Зная об истории своего деда, Джон понимает, что Круг Оссуса вернулся. Каньенке считает, что его сестра Нонаки тоже в опасности. Они спасают деревню ирокезов, где живёт Нонаки. Оказывается, Джон и Нонаки тайно влюблены друг в друга. Армия Джона помогает французам бороться в Уорвиком во время Семилетней войны. Они встречаются с английским полковником Джорджем Вашингтоном, который рассказывает, что Уорвик является предателем. Победив войска Круга у Великих озёр, Джон обнаруживает труп дяди. Вскоре после этого, Джон расстаётся с Нонаки, так как путешествие становится слишком опасным для неё. Джон и Каньенке путешествуют через Великие равнины и создают армию в деревнях индейцев-лакота. После нескольких диверсионных операций против Уорвика, Джон и Каньенке замечают огромную русскую армию, путешествующую через горы. Они понимают, что Круг желает захватить Новый Свет русскими руками, пока британцы и французы воюют между собой. С помощью шахтёров Джон минирует горы, чтобы задавить армию камнями и льдом. Но на верхушке горы, его обнаруживает Уорвик с солдатами. Джону удаётся взорвать порох, завалив под камнями русскую армию, а также себя и Уорвика. Весной, Каньенке возвращается в свою деревню. Жизнь продолжается для ирокезов. Но Нонаки вскоре рождает сына от Джона. Каньенке и Нонаки знают, что другие белые последуют за тайной Фонтана. До того времени, Каньенке поможет сестре растить сына его друга, Натаниэля. История Натаниэля описана в дополнении «The War Chiefs».

Амелия Блэк, внучка Джона Блэка, рассказывает, что пришло время её истории. Год теперь 1819, и Амелия является владелицей железнодорожной компании, оставленной ей отцом Натаниэлем. Компания «Falcon», возможно названная в честь турка Сахина («falcon» — «ястреб»), желает проложить колеи через Штаты.

К сожалению, сокровища, полученные её семьёй за заслуги Джона Блэка, истощились. Теперь Амелии необходимо найти новые способы финансирования строительства. Вместе с майором Купером из американской армии они направляются в форт, на который нападают мексиканцы.

Там, Амелия встречает французского проспектора по имени Пьер Бомон, который рассказывает её о золотой шахте на севере и о том что она может получить половину прибыли. Подходя к шахте, они встречают пожилого Каньенке, который пришёл предупредить Амелию о том, что Бомон является лидером Круга Оссуса. Бомон сбегает в пещеры, и Амелия, Каньенке и солдаты Купера начинают охоту за ним. В пещерах они обнаруживают карту.

По пути на юг они обнаруживают место, где когда-то находилось Лунное озеро, которое превратилось в огромное болото. После битвы с испанцами, Купер встречает Бомона, но его загрызают белые волки Круга.

Узнавая у семинолов, что сразу после уничтожения Фонтана, инки забрали много бочек воды в свой последний город в долине Пакамайо. Амелия и Каньенке путешествуют в Южную Америку и помогают Симону Боливару в его революции против испанцев. Взамен он даёт им провизию и солдат.

Далее следует путь через холодные Анды, где им периодически нужно останавливаться возле костров в тёплых пещерах. По пятам следует армия Круга.

В городе инков, Амелии постепенно переправляют артиллерию для обороны города. После этого, Амелия, Каньенке и солдаты отплывают в Гавану, где находится последняя база Круга в храмоподобной Оссуарии.

Лидеры колониальной администрации соглашаются помочь Амелии избавиться от Круга.

В конце концов, на помощь Амелии приходит американский флот. С помощью корабельных пушек, Амелии удаётся прорваться в форт и уничтожить Оссуарию. Но на Амелию прыгает Бомон. В последующей битве один-на-один, Бомон оказывает лицом-к-лицу с ружьём Амелии. Убив его, люди Амелии обнаруживают сокровища Круга.

Бизнес компании круто развернулся после обнаружения сокровищ. Затем появляется старик-шотландец который утверждает что её семья бы гордилась ей. Он знает о Круге, и говорит, что ей удалось уничтожить Круг Оссуса «всего за одну жизнь». Удивлённая Амелия пытается узнать больше, но старик отворачивается и уходит. В редакторе сценариев модель этого старика называется "Старый Морган".